eMule是基于开源协议GNU通用公共许可证(GNU General Public License) 发布的，任何组织和个人都可以在遵守GNUGPL的基础上下载使用eMule的源代码，对eMule进行修改并发布，并且必须遵守开源协议，于是便有了很多eMule修改版（eMulemodifications）出现，这些修改版被通称为eMule MOD's。eMuleMOD往往比官方原版eMule有更多的功能和改进，比如显示地区旗帜，NAFC带宽控制，有害ip过滤，强力上传，智能文件段共享，A4AF控制，来源管理，缓存调整，快速启动，智能分类，反吸血客户端，老板健等等非常实用的功能，因此深受广大eMule爱好者的喜爱，甚至超过了官方原版的影响力。国际上比较流行的优秀MOD有：eMule Xtreme,eMule Magic Angel,eMule ScarAngel,eMuleMephisto,NeoMule,eMule MorphXT等等。最流行的MOD排名可以在eMule MODs网站看到。
以下为几种官方论坛认可的主要修改版：
eMule Xtreme
xtreme是广受大家喜爱的mod，原作者为x-man，在电骡界具有重要影响的mod，基于此款mod修改的版本较多，成为xtreme系，现在由stulle（相当高产的modder） 和 zz_fly 进行开发工作。完善的dlp吸血骡屏蔽与NAFC网络状态实时监控、SLS来源储存、文件强力发布等功能深受骡友们的喜爱。较适合小水管adsl用户使用。
截止2013年最新版本为eMule 0.50a Xtreme8.1
eMule ScarAngel
俗称“天使骡，刀疤天使”。作者stulle，基于Xtreme，继承了Xtreme的所有特性，并加入了MorphXT mod的强力共享、增强的分类管理、传播条等更适合分享、文件发布的功能特性。较适合小水管adsl用户，文件发布者使用。
eMule Mephisto
俗称“魔鬼骡，恶魔骡”。作者stulle，基于scarangel，在scarangel的基础上，优化了上传系统，更适合能力大的骡友使用。
eMule MorphXT
MorphXT Mod，维护者：stulle。2003年1月23日开始开发，它是上传者的福音，主要功能有强力并智能控制上传、智能的目录管理和A4AF（文件请求）、HideOS（隐藏过多分享段）、共享所需等。它也融合了Espana、EastShare等Mod功能。基于MorphXT的有MagicAngel、StulleMule等。MorphXT有自己的反吸血功能，未用DLP。
eMule MagicAngel
俗称“魔法天使骡”。原作者为sfrqlxert，现由Gomez82接手，基于MorphXT，除了继承了MorphXT强大的上传能力外，最大的改进是增加了完善的dlp支持，无NAFC功能，适合网络能力较大的用户使用。（alpha为比beta更beta的版本，作者不推荐使用aplha版本。）
NeoMule
俗称“黑客帝国骡”。作者为David Xanatos，neo的功能特性非常强大，是所有mod中功能最全面的，设置也非常复杂，曾号称电骡之王，对mod没有一定的基础不易驾驭。多共享文件时程序运行缓慢，资源占用较高。适合内网用户和多机同时开电骡使用（巫毒功能）。
其他mod
其他mod比如：X-Ray，StulleMule，SharkX，ZZUL，ZZUL-Plus，BastarD，AcKroNiC，EastShare等也分别因为各自的特色而拥有自己的使用者，正是全世界的热爱电骡eMule的程序员们在自己业余时间的努力，为我们贡献了如此丰富多彩的mod，形成了独特的电骡eMule文化，“eMule是完全免费的，它也决不包含广告软件、间谍和流氓软件。我们之所以创造eMule是为了快乐和知识，而不是为了金钱。”
国内的eMule修改版
VeryCD版eMule和easyMule是由中国大陆一家商业公司上海维西网络科技有限公司推出的两款商业化eMule Mod（即eMule修改版），由于这两款Mod不符合eMule官方所提出的一些关于Mod的要求，easyMule第二版也未开源，所以并没有被官方所接受，但它们目前仍然是中国大陆安装量最大的电骡软件。VeryCD eMule和easyMule安装包中包含第三方软件（可取消），除继承了官方eMule的所有功能之外，默认界面隐藏了部分eMule高级功能，加入了另一款eMule Mod—Xtreme的动态反吸血保护功能（默认使用VeryCD自己未开源的不检测迅雷的反吸血库）和内网穿透功能。VeryCD版eMule的历史版本中曾有过“社区加分”机制，这种行为被认作“社区吸血”（communityleecher），由于受到不少eMule用户反对，已在080828版本中删除掉此机制。VeryCD版eMule和easyMule所使用的反吸血库曾在2008年11月左右和2010年5月左右两次误杀了Xtreme等一些Mod，后来VeryCD官方证实此事件属人为失误造成的，并修正了错误。由于中国大陆政府执行网络审查政策，所以在使用VeryCD版eMule进行搜索时会过滤敏感字符，具体内容为一些未成年不宜和政府规定的必须过滤的关键字，在部分版本中程序默认会监视关键字wordfilter.txt文件，但网络上已有一些破解方法。1.1.13版之后的easyMule无法搜索eD2k电驴服务器全局和Kad网络，仅能搜索VeryCD网站上索引的资源的链接。easyMule的官方网站自称“电驴”官方，其名称被一些用户认为是一种混淆蒙蔽。
CN版，中国驴是中国最早修改官方电骡的团队，其mod叫做cn版，以资源占用小著称。
EastShare版，台湾爱好者的修改版，很多优秀功能被其它mod采用。
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